Niederösterreich beteiligt sich im Rahmen des Programms „Europäische Territoriale Zusammenarbeit 2007 - 2013" - wie auch schon im Vorgängerprogramm INTERREG - an den Teilprogrammen Österreich - Tschechien, Österreich - Slowakei und Österreich - Ungarn.
Das Programm fördert schwerpunktmäßig grenzüberschreitende Kooperationen. Naturschutzbelange finden sich in der Prioritätsachse 2 des Programms „Regionale Erreichbarkeit und nachhaltige Entwicklung" unter der Maßnahme „Umweltschutz, Risikoprävention und Naturschutz".